Hozzájárulnak egyes tápanyagok és rostmaradványok lebontásához; bizonyos vitaminok képzéséhez; a kórokozók megtelepedésével szembeni védelemhez; az immunrendszer fejlődéséhez és szabályozásához. E funkciók a mikrobiális közösség összetételétől és az állapottól is függenek.